Seit dem Schuljahr 1999/2000 nimmt die BBS Friesoythe regelmäßig an dem internationalen Kooperationsprojekt „Umweltschule in Europa“ teil. In den vergangenen Jahren war ein wesentlicher Schwerpunkt die naturnahe Schulgeländegestaltung. Außerdem wurden Projekte wie Gewässerökologie, gesunde Ernährung, Biodiversität oder die Planung eines Friesoyther Baumpfades realisiert. Dafür wurde die BBS Friesoythe bereits neunfach ausgezeichnet. Im letzten Projektzeitraum wurde das Müllkonzept weiterentwickelt sowie verschiedene Baumpflanzaktionen durchgeführt.

Seit 2017 beschäftigt sich die BBS Friesoythe mit den Themen Terra Preta – Fruchtbare Erde zum Selbermachen und der Nutzung regenerativer Energie (Solar-Rallye Emden) (siehe oben).